В тази втора част на книгата си Мишел Муние описва подробно историческите условия през Средновековието в Западна Европа (от IX до XIV в.), когато богомилските идеи проникват във всички обществени слоеве и стават истинската причина за пробудата на народите за Ренесанса. Ерудицията му на теолог, историк и философ му позволява да анализира най-напред борбата между Отоновата църква на Свещената римска империя и Клюнийската феодална църква (която става впоследствие основа на Григорианската реформа и на могъществото на папската институция), а след това и преди всичко да аргументира своите изводи за същността и формите на борбата на Римокатолическата църква срещу катарското богомилство. Анализът му на фалшифицираните от Инквизицията богомилски книги Апокрифната Тайна вечеря, Латински требник и Книгата за двете Начала е доказателство за неговата висока професионална добросъвестност. Й затова той може да даде следната обобщаваща оценка за мястото на богомилството в историята на Европа:
„Ако се размислим цялостно и обобщаващо за средновековната епоха, ще видим едно светло течение, носител на Словото, което в сблъсък с многобройни консервативни сили, надигнали се срещу него, дава нова стойност и значение на индивидуалната вътрешна връзка на всеки човек с Духа на свободата, мъдростта и любовта и само с това отрича принципа за всяко подчинение и зависимост от външни власти: Революцията вече е била в ход с раждането на Духа на Свободата!"
